Главный герой романа, Петр Пустота - комиссар, поэт-декадент и пациент психиатрической больницы живет в двух разных мирах, в двух разных эпохах. Его сознание и переживания разрываются между 1919 годом, Москвой девяностых годов и виртуальным пространством. Он не может понять до конца, что же на самом деле реальность, а что - лишь плод его разыгравшегося воображения.

Как всегда, Виктор Пелевин оставляет читателя в постоянной неопределенности и приправляет всю и без того запутанную историю язвительной сатирой и восточной мистикой.

Роман «Чапаев и Пустота» сам автор характеризует так: «Это первое произведение в мировой литературе, действие которого присходит в абсолютной пустоте».

На самом деле оно происходит в 1919 году в дивизии Чапаева, в которой главный герой, поэт-декадент Петр Пустота, служит комиссаром, а также в наши дни, а также, как и всегда у Пелевина, в виртуальном пространстве, где с главным героем встречаются Кавабата, Шварценеггер, «просто Мария»…

По мнению критиков, «Чапаев и Пустота» является «первым серьезным дзен-буддийским романом в русской литературе».