Действие романа «Царство Агамемнона» происходит не в античности — повествование охватывает XX век и доходит до наших дней, — но во многом оно слепок классической трагедии, а главные персонажи чувствуют себя героями древнегреческого мифа.

Герой-рассказчик Глеб занимается подготовкой к изданию сочинений Николая Жестоковского — философа и монаха, который провел много лет в лагерях и описал свою жизнь в рукописи, сгинувшей на Лубянке. Глеб получает доступ к архивам НКВД-КГБ и одновременно возможность многочасовых бесед с его дочерью. Судьба Жестоковского и история его семьи становится основой повествования.