Конфликт произведения отражен в самом его названии. Душа – ипостась бессмертная и в принципе не может быть мертвой, но в романе Гоголя речь идет именно о мертвых душах. Чичиков, Коробочка, Собакевич, Плюшкин… Все это живые лица, которые каждый так или иначе встречал в своей жизни. Может быть, даже открывая какие-то их черты в самом себе. Они мертвые и живые одновременно. Мертвые, потому что нет в них любви, широты, света – всего того для чего была задумана человеческая душа, а живые, потому что сталкиваешься с ними снова и снова.

Хотя речь идет о душе, но рассуждений о высоких материях и романтике в книге Гоголя не встретить. Это реалистическое произведение, в котором подмечена пошлость повседневной человеческой жизни, мелочность чувств и страстей омертвевшей в серых буднях души. Кто такие мертвые души? Те, кого покупает Чижиков? Сам Чижиков или навещаемые им продавцы-помещики?.. Вопрос остается открытым.
При этом роман полон глубокого юмора, в нем подмечены «изнанки» современной действительности, он легко воспринимается и является красочной иллюстрацией человеческого бытия.