С одной стороны, охотники у нас в некоторой степени комические персонажи, примерно как комиссар Жюв и компания в «Фантомасе», поэтому им простительно. Но, конкретно по перечисленным вами моментам вроде бы всё логично. Взять, например, шпионаж. Если вы про комарика, то - во-первых, могли и не знать конкретно о такой возможности, а во-вторых - защищались от того, от чего могли. Московская база технически менее оснащённая, чем Смоленская, и полностью её изолировать просто не было средств. Мы теперь знаем, что и дрон сами знаете куда долететь может, а тут комарик. Почему штурмовали особняк? Измором брали, наверное. А может, отвлекающий манёвр, задуманный Каспером, чтобы усыпить бдительность Константина и отвлечь от своего плана. Кто знает?) А что до охранника - так ведь он из лояльных Касперу людей. Засланец, так сказать. Удалил всё так, чтобы на него не пало подозрение, а если бы его и допросили - стал бы всё отрицать.

Частично ответил уже в комментариях выше, могу только повторить - «Гранатовый сок» — это первая часть истории и она раскрывает лишь первые пару слоёв интриги. Мы надеялись, что уже на этом этапе читатель возьмет на вооружение девиз Козьмы Пруткова: «Если на клетке слона прочтешь надпись: буйвол, — не верь глазам своим». Авторский посыл, по большому счёту - смотреть сквозь очевидное и не делать поспешных выводов, а не подталкивать читателя какой-то определённой трактовке.

Следующий слой интриг - в продолжении «Красные нити». Там в поисках ответа на вопрос «откуда уши растут» всплывает всё больше новых и неоднозначных подробностей. Но и там мы в большей степени хотели показать, что у всякой истории есть «второе дно». А может и третье?

Читал я записки одного автора - у него произведения на тему Великой Отечественной, так вот он жаловался, что его критикуют за то, что он описывает и вообще включает в повествование оружие и технику Германии - мол, нет, нельзя, бяка можно только про советское писать. Ну ладно. Но вот другой автор пишет художественно про советское - нет, опять не так, про советское вообще ничего писать нельзя, это же священная тема, как вы могли до святого своими буковками дотронуться. Так и здесь. Напишешь, что наши вывезли научные архивы - товарищ Снежная недовольна. Но так ведь напишешь, что их вывезли ЦРУ, Моссад, Ми-8 - снова придут недовольные, скажут, как же так, вы из нашей разведки лохов делаете, а вражескую превозносите. Так что вы уж извините, но тут получается, как у Маршака - «Маленький едет, а старый идёт!». Всем не угодишь.

Что касается того, кто его изобрёл и почему - тут не всё так просто. «Гранатовый сок» раскрывает только первый пласт интриги. Следующий слой - в продолжении «Красные нити». Но и там мы в большей степени хотели показать, что у всякой истории есть «второе дно». А может и третье? Авторский посыл, по большому счёту - смотреть сквозь очевидное и не делать поспешных выводов, а не подталкивать читателя какой-то определённой трактовке.